Antigamente, quando os microscópios não tinham câmeras digitais, e era usado só para observar a imagem, o aumento (10 vezes, 1000 vezes, etc) era suficiente para estabelecer uma ideia de escala. Essa ideia de escala era mais usada como ideia mesmo, e não se media tanto as estruturas observadas como se mede hoje. Mas agora que podemos medir com precisão, precisamos de mais precisão na escala também, certo? #comofaz? (mais…)
Mimetismo de borboleta
Olá! Depois das férias, um post um pouco lúdico, para pegar o ritmo com calma… é possível vencer o mimetismo por processamento de imagens? Se nós conseguimos ver… talvez o software também possa! (mais…)
Segmentação de Ácinos
Este post é uma análise de tentativas, não uma solução. Nele discuto algumas opções para resolver um problema de segmentação bem difícil, em uma lâmina de ácinos. Mas… o que são ácinos? Bom, eu também tive que perguntar: são “pequenas cavidades glandulares arredondadas, em forma de fundo-de-saco, que desemboca num canal excretor. Pode ser alveolar, salivar e etc…nesse caso é prostático.” Quem respondeu foi o Jorge Alves, que também permitiu o uso as imagens e forneceu o motivo deste texto. (mais…)
Anima contando objetos!
Há algum tempo tenho trabalhado, junto com meus colegas da Animati, em um software de código aberto para processamento e análise de imagens – o Anima. Ele ainda está nas versões “alpha”, mas já temos algumas funções em pleno funcionamento.
Para mostrar um pouco do Anima, revisitei o primeiro tutorial deste blog: Como contar objetos. O resultado coloquei num vídeo.
A interface ainda tem seus defeitos (como o fato dos diálogos não abrirem onde querem, às vezes fora da janela principal), mas estamos trabalhando nisso também.
O importante neste projeto é que está sendo construído como uma plataforma de testes e desenvolvimento, isto é, arquitetura de software favorecendo a extensão.
Por enquanto, é um software mais para desenvolvedores, e “beta-testers”, mas pretendemos facilitar as coisas para o usuário comum, com dicas e informações na interface. Alguns alunos do LaCA já estão utilizando o Anima para implementar seus projetos de pesquisa e as novas ferramentas estão por vir.
Diâmetro de Feret
Diâmetro de Feret é uma medida que ganhou importância na análise de partículas durante os últimos… 80 anos, pelo menos. É uma forma de caracterizar tamanho, que não depende da posição do objeto na imagem. Apesar da definição aparentemente simples, a evolução do conceito criou um conjunto de medidas. Feret Máximo e Feret Mínimo passaram a ser usados amplamente como medidas que descrevem comprimento e largura de partículas. (mais…)
Inversão de imagens
Inversão de imagens é um tema bem simples, mas qual foi a minha surpresa ao perceber que a JAI, biblioteca de processamento de imagens da Sun, não lida com isso de forma tão simples como eu pensava. Não tem muito o que explicar sobre inversão, mas quero deixar claro a diferença entre inverter o valor dos pixels e inverter uma tabela de cores, e as consequências para o uso da segunda como artifício de otimização. (mais…)
Mean-shift: explicando
Finalmente tomei coragem e escrevi. Esta é uma tentativa de explicar o Mean Shift. Venho adiando isso há tempos porque é um tema complexo, mas na semana passada escrevi um tutorial, e o leitor JanKees Poel deu a cutucada que faltava… (Obrigada!) (mais…)
Mean-shift: segmentação em cores
Mean-shift é um método de segmentação baseado em cores, ou seja, no caráter multidimensional das imagens coloridas. Hoje vou mostrar um exemplo de uso, com um plugin do ImageJ. A teoria toda não cabe num post, por isso deixo para mais adiante.
(mais…)
Tipos de características das imagens
Chama-se de extração de características todo o conjunto de operações de processamento e análise de imagens realizadas com a finalidade de obter valores numéricos que caracterizam as imagens ou partes delas. Este artigo fala do universo de características que podemos extrair das imagens, e de como encontrar o conjunto delas que vai ser importante para cada situação. (mais…)
