Na semana passada iniciei um tutorial sobre como contar objetos no ImageJ. Esta será a continuação. Vamos abordar aqui os “detalhes” (quase sempre cruciais) para que os resultados obtidos estejam corretos do ponto de vista do usuário.

A parte anterior terminou encontrando um resultado que não correspondia à realidade. Nesta segunda e última parte, vamos ver também como corrigir este suposto “erro”.

Digo suposto poque não houve erro algum. A imagem tem mesmo 25 partículas, apesar de sermos capazes de ver apenas 22. O que acontece é que 3 delas são muito pequenas, com um, dois ou 3 pixels apenas (e provavelmente desapareceram por completo na versão da imagem compactada que coloquei no site).

Tamanho das partículas:

Diálogo de Análise de partículas

Para que o programa conte apenas as letras, descartando partículas irrelevantes, é possível informar no diálogo da função qual é o intervalo de tamanhos de partículas que se espera encontrar. Para isso escreva um intervalo na caixa de texto Size, ou apenas um valor, que será interpretado como tamanho mínimo. Assim o programa desconsidera partículas fora do intervalo informado.

Pronto, agora obtive as minhas 22 letras.

Circularidade

Circularidade (Circularity) é uma outra característica que pode ser usada para filtrar as partículas de interesse. Os valores variam de zero a 1.0, sendo 1.0 o valor de um círculo perfeito.

Show (Mostrar)

Esta caixa de opções não influencia no cálculo, mas melhora a visualização dos resultados, principalmente quando se tem dúvidas a respeito dos parâmetros anteriores. Outlines e Count Masks, por exemplo, seriam úteis para descobrir o que saiu errado na contagem da primeira parte do tutorial.

A figura mostra a letra ‘a’, da imagem que foi mostrada em ‘Count Masks’. Apliquei uma look up table para que se possa identificar melhor os dois pequenos pontos que ficaram dentro do ‘a’. Estes pontos foram contados como partículas quando o tamanho mínimo estava informado como zero, na primeira parte deste tutorial.

Outras opções

Display results: deixe marcado se você espera ver os resultados obtidos para cada objeto.

Clear results: apaga resultados anteriores e mostra apenas o da análise corrente.

Summarize: mostra o resumo da análise, como número total de partículas, área total, etc.

Exclude on Edges: deixa de contar quaisquer partículas que toquem o limite da figura.

Include Holes: inclui os buracos (como o da letra a) como parte da partícula. Além de incluir os buracos na medição da área, também faz com que partículas dentro de outras partículas não sejam contadas.

Record Starts: permite que macros e plugins recriem representações das partículas para quaisquer que sejam seus propósitos.

Add to Mananger: inclui as partículas medidas no ROI Manager, que é uma forma de trabalhar com várias regiões de interesse, independente da sua localização.

Quais medidas serão calculadas

Para determinar quais medidas serão calculadas sobre as partículas, use o diálogo Set measurements, no mesmo menu Analyse. Esta caixa de diálogo permite ao usuário indicar quais medidas serão calculadas e mostradas nas caixas de resultados, tanto para a contagem de partículas quando para a função Measure. Assim é possível contar e medir numa só operação.

É preciso selecionar as medidas antes de entrar no diálogo do analisador de partículas.

Escala

Também é possível indicar a escala em que a sua imagem foi adquirida, usando o diálogo Set Scale, no mesmo menu. Isto é necessário se você estiver medindo objetos do mundo real usando imagens. Cada imagem pode ter sua própria escala.

No exemplo atual, o arquivo TIFF que gerei através do meu scanner, no GIMP, guardou a informação de 600 dpi, ou seja, 600 dots per inch, ou pixels por polegada. O ImajeJ recuperou esta informação numa das tags do TIFF, e usou para determinar a escala, de 600 pixels/polegada. Assim não tive de determinar a escala manualmente. Alguns equipamentos de microscopia, quando bem utilizados, também são capazes de preservar esta informação.

Moral da história

O software vai acertar a resposta, assim que você souber exatamente o que perguntar.

Até mais!