Atualizado em 20 de Maio de 2009.
Fiz uma análise de final de ano em 2008 e descobri que uma das expressões que mais trouxe leitores a este blog foi “como usar imagej”. Sendo assim, nada mais promissor que ter um artigo com este título, para que quem procura, encontre exatamente a informação de que precisa.
Como usar o ImageJ?
A resposta para esta pergunta começa por outra pergunta: o que você precisa/quer fazer com o ImageJ?
O ImageJ é um software para processamento e análise de imagens, desenvolvido por Wayne Rasband no National Institute of Mental Health, USA. em Java. Com ele é possível realizar várias tarefas de processamento e análise de imagens. Alguns exemplos do que se pode fazer com ele estão nos tutoriais já publicados aqui no ImageSurvey.
Há ferramentas de ajuste de brilho e contraste, ferramentas de segmentação e análise, medição de distâncias e ângulos, possibilidade de processar e analisar imagens de uma só vez, entre outros.
Este tutorial pretende ser um guia para iniciantes, que contém algumas explicações e muitos links para os recursos que você vai precisar para se tornar um expert em ImageJ (ou só fazer o dever de casa, se este for seu objetivo…)
1. Baixe e instale:
Encontre o arquivo para o seu sistema operacional, baixe e instale.
(updade de 07/07/2009) Se estiver usando Ubuntu, como eu, é só ir em Adicionar/Remover aplicações, pesquisar ImageJ e mandar instalar.
2. Inicie o programa:
Da mesma forma que você faz com todos os outros que estão instalados no seu computador.
Janela principal do ImageJ.
Para quem está acostumado a aplicativos Microsoft, pode parecer estranho um programa abrir apenas um pequeno menu, sem aquela área de trabalho que ocupa a tela toda. Você se acostuma…
3. Abra uma imagem
No menu File, você vai encontrar comandos familiares, como Open… e Open recent. Open Samples abre uma das imagens de exemplo do ImageJ, e Open Next abre a próxima imagem do diretório e fecha a que estiver aberta.
4. Escolha suas armas
Entre os grupos de recursos nativos estão:
- Ferramentas de seleção
- Compatibilidade com vários formatos de imagens, incluindo DICOM, e TIFF
- Ajustes de cor e histograma
- Ferramentas de medição manuais e (algumas) automáticas
- Escala de imagens
- Segmentação
- Processamento de imagens binárias
- Filtros
- Transformada de fourier
Todos os recursos estão acessíveis no menu e alguns tem botões para acesso rápido na barra de ferramentas. É possível automatizar tarefas através das macros, ou usando pilhas de imagens (veja na lista de tutoriais).
Boa parte da interface é auto explicativa, mas existe um help/manual na página oficial do ImageJ.
5. Não é suficiente?
A meu ver o melhor de todos os recursos é o que permite estender o programa: a possibilidade de se escrever plugins!
Onde encontrar plugins:
No wiki do ImageJ – Plugins
Na página oficial – plugins
6. Mais recursos
6.1 Tutoriais do ImageJ no ImageSurvey:
Lista atualizada em 19 de março de 2009:
- Como contar objetos – Parte I
- Como contar objetos – Parte II
- Agrupando imagens em pilhas
- Processamento em lote
- Tutorial ImageJ – medição de área foliar
- Tutorial ImageJ: Macros
- Watershed em imagens binárias, e um exemplo útil com ImageJ
- Como captar imagens para processamento usando sua câmera digital
- Tutorial: Diâmetro de esferas, com ImageJ
- Tutorial ImageJ: como “medir a cor” dos objetos
6.2 Documentação do ImageJ
- Help/Manual oficial do ImageJ
- Wiki da documentação (não tem informação sobre quem é o “dono”).
- Recursos para desenvolvedores
6.3 Fóruns e listas de email:
Lista oficial: Eu assino a lista e acho bastante ativa. Antes de perguntar pesquise o arquivo de emails.
Se alguém souber de alguma lista em português, deixe um comentário.
Mais tutoriais? Assine o RSS feed do ImageSurvey e você recebe assim que forem publicados!
tenho sequência de imagen CT e quero reconstruir o crânio em 3D. Como faço passo-a-passo para construí-la…?
Olá, Endrigo
É possível fazer reconstrução 3D com alguns plugins do ImageJ. Encontrei um que tem um manual que você pode seguir: chama-se VolumeJ. Se não gostar deste, pode encontrar outros em poucos minutos de pesquisa.
Espero ter ajudado, Até mais.
Boa tarde, já li as informações que estão no site , mas não achei resposta para minha dúvida, a parte de analise de tamanho foliar entendi como deve ser procedida. Existe alguma opção para fazer a medição da area foliar e juntamente a medição de alguma outra area na folha (área atacada por um determinado fungo e q tem uma cor bem mais clara q a folha) , obrigado
Oi Astúrio,
O ImageJ não vai reconhecer automaticamente a parte da folha que você quer medir em separado. O que você precisa fazer é segmentar a parte que você quer medir, e depois medir. Se você conseguir encontrar um método que seja capaz de segmentar automagicamente a parte do ser interesse, aí sim dá para escrever uma macro que faça tudo sozinha.
Olá, boa tarde…
Acabei de ler todos os tópicos e informativos sobre o Image J e continua com duvidas. Gostaria de saber como utilizar o programa para graficos, onde devo avaliar a postura de pessoas atraves de fotos em um trabalho para o TCC.
Deve com ele apresetar graficos onde mostram a medição e problemas na postura.
Obrigado.
Olá Eduardo!
Espero que ainda tenha bastante tempo para o seu TCC, porque acho que você começou pelo lado errado. A informação que você precisa não está em nenhum manual do ImageJ porque o ImageJ não analisa posturas, ele analisa imagens. É você que precisa saber o que medir, na imagem, para então registrar e identificar medidas e problemas.
Isso você descobre lendo trabalhos científicos da sua área, de preferência os que fizeram algo parecido como que você pretende. É lá que você deve começar.
Se você estiver num computador da sua universidade, pesquise na IEEE, se não tem que encarar o Google scolar mesmo.
Até mais!
Preciso contar célula com o Image J
Tenho as imagens das laminas histologicas capturadas no computador
Como fazer?
Olá Flávio, seja bem-vindo!
Comece por aqui: Tutorial ImageJ – como contar objetos: parte I, e depois leia a parte II. Acho que isso resolve…
Até mais!
Gostaria de contar celulas pelo image
Fiz a sequencia de como contar objetos I e II
Como faço para detrrminar uma área especifica do corte histologico para ser analizada?
Também nâo consegui estipular um tamanho minimo em pixel das amostras que gostaria de selecionar para a contagem . Quando entro no size, não sei qual o tamanho de pixel ideal. A imagem aumenta ou diminui e distorce….
Obrigado, Flávio
Olá Flávio,
A melhor forma de trabalhar com uma área específica na imagem é recortá-la mesmo. Trabalhe só com a parte da imagem que interessa. Se a área for irregular, pinte o resto da imagem de preto.
Já o tamanho mínimo de pixels vai ser o número de pixels da menor partícula que você espera encontrar. Escolha uma partícula pequena (a menor célula) e meça a área em pixels, depois regule o seu número mínimo para um pouco menos que isso. A outra forma de determinar isso é por tentativa e erro (essa última é a que eu mais uso…): simplesmente teste algumas alternativas e fique com a que der resultado mais próximo da realidade.
Até mais!
Como faco para aparecer os pixels na analise do ROI?
Oi, rodrigo,
Desculpe, mas sua pergunta está meio confusa… tente ser mais específico eu eu tento responter, certo?
Além de contar cromossomos, preciso remover o background (mancha) que fica embaixo deles, recortár um a um para posteriormente organiza-los em cariograma. É possível fazer tdo isso no Imag J?