Atualizado em 20 de Maio de 2009.
Fiz uma análise de final de ano em 2008 e descobri que uma das expressões que mais trouxe leitores a este blog foi “como usar imagej”. Sendo assim, nada mais promissor que ter um artigo com este título, para que quem procura, encontre exatamente a informação de que precisa.
Como usar o ImageJ?
A resposta para esta pergunta começa por outra pergunta: o que você precisa/quer fazer com o ImageJ?
O ImageJ é um software para processamento e análise de imagens, desenvolvido por Wayne Rasband no National Institute of Mental Health, USA. em Java. Com ele é possível realizar várias tarefas de processamento e análise de imagens. Alguns exemplos do que se pode fazer com ele estão nos tutoriais já publicados aqui no ImageSurvey.
Há ferramentas de ajuste de brilho e contraste, ferramentas de segmentação e análise, medição de distâncias e ângulos, possibilidade de processar e analisar imagens de uma só vez, entre outros.
Este tutorial pretende ser um guia para iniciantes, que contém algumas explicações e muitos links para os recursos que você vai precisar para se tornar um expert em ImageJ (ou só fazer o dever de casa, se este for seu objetivo…)
1. Baixe e instale:
Encontre o arquivo para o seu sistema operacional, baixe e instale.
(updade de 07/07/2009) Se estiver usando Ubuntu, como eu, é só ir em Adicionar/Remover aplicações, pesquisar ImageJ e mandar instalar.
2. Inicie o programa:
Da mesma forma que você faz com todos os outros que estão instalados no seu computador.
Janela principal do ImageJ.
Para quem está acostumado a aplicativos Microsoft, pode parecer estranho um programa abrir apenas um pequeno menu, sem aquela área de trabalho que ocupa a tela toda. Você se acostuma…
3. Abra uma imagem
No menu File, você vai encontrar comandos familiares, como Open… e Open recent. Open Samples abre uma das imagens de exemplo do ImageJ, e Open Next abre a próxima imagem do diretório e fecha a que estiver aberta.
4. Escolha suas armas
Entre os grupos de recursos nativos estão:
- Ferramentas de seleção
- Compatibilidade com vários formatos de imagens, incluindo DICOM, e TIFF
- Ajustes de cor e histograma
- Ferramentas de medição manuais e (algumas) automáticas
- Escala de imagens
- Segmentação
- Processamento de imagens binárias
- Filtros
- Transformada de fourier
Todos os recursos estão acessíveis no menu e alguns tem botões para acesso rápido na barra de ferramentas. É possível automatizar tarefas através das macros, ou usando pilhas de imagens (veja na lista de tutoriais).
Boa parte da interface é auto explicativa, mas existe um help/manual na página oficial do ImageJ.
5. Não é suficiente?
A meu ver o melhor de todos os recursos é o que permite estender o programa: a possibilidade de se escrever plugins!
Onde encontrar plugins:
No wiki do ImageJ – Plugins
Na página oficial – plugins
6. Mais recursos
6.1 Tutoriais do ImageJ no ImageSurvey:
Lista atualizada em 19 de março de 2009:
- Como contar objetos – Parte I
- Como contar objetos – Parte II
- Agrupando imagens em pilhas
- Processamento em lote
- Tutorial ImageJ – medição de área foliar
- Tutorial ImageJ: Macros
- Watershed em imagens binárias, e um exemplo útil com ImageJ
- Como captar imagens para processamento usando sua câmera digital
- Tutorial: Diâmetro de esferas, com ImageJ
- Tutorial ImageJ: como “medir a cor” dos objetos
6.2 Documentação do ImageJ
- Help/Manual oficial do ImageJ
- Wiki da documentação (não tem informação sobre quem é o “dono”).
- Recursos para desenvolvedores
6.3 Fóruns e listas de email:
Lista oficial: Eu assino a lista e acho bastante ativa. Antes de perguntar pesquise o arquivo de emails.
Se alguém souber de alguma lista em português, deixe um comentário.
Mais tutoriais? Assine o RSS feed do ImageSurvey e você recebe assim que forem publicados!
tenho sequência de imagen CT e quero reconstruir o crânio em 3D. Como faço passo-a-passo para construí-la…?
Olá, Endrigo
É possível fazer reconstrução 3D com alguns plugins do ImageJ. Encontrei um que tem um manual que você pode seguir: chama-se VolumeJ. Se não gostar deste, pode encontrar outros em poucos minutos de pesquisa.
Espero ter ajudado, Até mais.
Boa tarde, já li as informações que estão no site , mas não achei resposta para minha dúvida, a parte de analise de tamanho foliar entendi como deve ser procedida. Existe alguma opção para fazer a medição da area foliar e juntamente a medição de alguma outra area na folha (área atacada por um determinado fungo e q tem uma cor bem mais clara q a folha) , obrigado
Oi Astúrio,
O ImageJ não vai reconhecer automaticamente a parte da folha que você quer medir em separado. O que você precisa fazer é segmentar a parte que você quer medir, e depois medir. Se você conseguir encontrar um método que seja capaz de segmentar automagicamente a parte do ser interesse, aí sim dá para escrever uma macro que faça tudo sozinha.
Olá, boa tarde…
Acabei de ler todos os tópicos e informativos sobre o Image J e continua com duvidas. Gostaria de saber como utilizar o programa para graficos, onde devo avaliar a postura de pessoas atraves de fotos em um trabalho para o TCC.
Deve com ele apresetar graficos onde mostram a medição e problemas na postura.
Obrigado.
Olá Eduardo!
Espero que ainda tenha bastante tempo para o seu TCC, porque acho que você começou pelo lado errado. A informação que você precisa não está em nenhum manual do ImageJ porque o ImageJ não analisa posturas, ele analisa imagens. É você que precisa saber o que medir, na imagem, para então registrar e identificar medidas e problemas.
Isso você descobre lendo trabalhos científicos da sua área, de preferência os que fizeram algo parecido como que você pretende. É lá que você deve começar.
Se você estiver num computador da sua universidade, pesquise na IEEE, se não tem que encarar o Google scolar mesmo.
Até mais!
Preciso contar célula com o Image J
Tenho as imagens das laminas histologicas capturadas no computador
Como fazer?
Olá Flávio, seja bem-vindo!
Comece por aqui: Tutorial ImageJ – como contar objetos: parte I, e depois leia a parte II. Acho que isso resolve…
Até mais!
Gostaria de contar celulas pelo image
Fiz a sequencia de como contar objetos I e II
Como faço para detrrminar uma área especifica do corte histologico para ser analizada?
Também nâo consegui estipular um tamanho minimo em pixel das amostras que gostaria de selecionar para a contagem . Quando entro no size, não sei qual o tamanho de pixel ideal. A imagem aumenta ou diminui e distorce….
Obrigado, Flávio
Olá Flávio,
A melhor forma de trabalhar com uma área específica na imagem é recortá-la mesmo. Trabalhe só com a parte da imagem que interessa. Se a área for irregular, pinte o resto da imagem de preto.
Já o tamanho mínimo de pixels vai ser o número de pixels da menor partícula que você espera encontrar. Escolha uma partícula pequena (a menor célula) e meça a área em pixels, depois regule o seu número mínimo para um pouco menos que isso. A outra forma de determinar isso é por tentativa e erro (essa última é a que eu mais uso…): simplesmente teste algumas alternativas e fique com a que der resultado mais próximo da realidade.
Até mais!
Como faco para aparecer os pixels na analise do ROI?
Oi, rodrigo,
Desculpe, mas sua pergunta está meio confusa… tente ser mais específico eu eu tento responter, certo?
Além de contar cromossomos, preciso remover o background (mancha) que fica embaixo deles, recortár um a um para posteriormente organiza-los em cariograma. É possível fazer tdo isso no Imag J?
Oi, Ricardo!
Tenho certeza que dá para fazer tudo isso manualmente. Agora, de forma automática já é outro assunto…
Se a mancha que vica embaixo for resultado da iluminação desuniforme do microscópio, é só fazer uma imagem sem lâmina, e depois usar para subtrair das outras.
Recortar e organizar… vais precisar mesmo das figurinhas recortadas? Se for só para medi-las use o Particle Analizer. Se não, pode ser que você encontre um plugin que faça isso, mas eu não conheço nenhum.
Até mais!
Ola GAbriela…. usamos o Image J para analises histologicas, porem no momento tenho n laminas de imunoistoquimica e preciso medir as areas com coloracao marrom…em geral usamos o threshold, selecionamos a cor que gostariamos que fosse medida, mais dai precisamos marcar cada pixel e solicitar a medida… existe alguma forma de a partir dessa imagem criada no threshold medir tudo de uma vez.. pois a imagem que resta e somente da area que quero medir….agradeco…
Olá, karen,
Se eu entendi direito, você já conseguiu a parte mais difícil, que é obter a imagem com a área que você quer medir. Agora use o Particle Analyser para medir. Já descrevi o processo algumas vezes aqui. Tente este artigo: Tutorial ImageJ – medição de área foliar.
Espero que ajude.
Ola Gabriela, obrigado, mais o meu maior problema e que a area a ser medida é descontinua, nao e como a folha…. quando escolho a cor que gostaria que ficasse para medir, em torno das celulas, e faço o threshold obtenho varias pequenas areas de cor negra, porem é uma imagem descontinua, posso contar (um pixel a um) e isso representa uma area? mais me daria tambem muito trabalho, pois tenho mais de mil laminas pra medir e preciso de algo mais rapido. temos feito com o ROI manager (add) cada area que marco, masi tenho receio de perder algo na medida, nao sei se me fiz entender…o particles analyzer seria com certeza o melhor metodo mais nao estou conseguind oconfigura-lo para medir…. se vc tiver masi alguma diga eu ficaria muuuuuito contente… obrigad ode qq forma… karen
karem,
Não há nenhuma diferença entre medir uma área contínua e muitas áreas descontínuas com o Particles Analyser, principalmente se o que você precisa é o resultado total.
Tente!, acho que você consegue.
Gabriela enviei um e.mail pra vc com uma foto que preciso analisar.. mais vou aproveitar o site, pois acho que vc anda ocupadissima…
Vou usar o Image J para processar minhas imagens, mais tenho usado o lightroom pra montagem de fotos, voce saberia me dizer se ele mantem a proporcao das fotos originais, nao encontro essa informacao em lugar nenhum … o problema e que uso um microscopio com uam objetiva de 20x e preciso usar a lamina de calibracao 20x tambem… mais nao sei se posso usa-la pois nao sei se as medidas se mantem…. obrigado..
karen,
Procurei até no span, mas não encontrei um email seu com uma imagem. (vc enviou do mesmo email que informou no campo de email do comentário?)
Nunca useu o Lightroom, por isso não saberia dizer se ele mantém as proporções, mas é fácil testar isso: você tem por aí uma daquelas lamínulas de grid? Se tiver, faça uma imagem dela e processe como está fazendo com as outras. Se os quadradinhos continuarem quadrados, você não está perdendo proporções. Se não tiver a lamínula de grid use qualquer outra coisa quadrada, como um recorte de papel milimetrado.
Até mais!
Olá Gabriela,
Estou iniciando um projeto para desenvolver um software OCR – Optical Character Recognition – e estou atrás de alguma ferramenta de processamento de imagens que faça mais ou menos o seguinte: receba como entrada uma imagem em um formato bmp por exemplo, e converta-a em um mapa de bits (o que não deve ser muito difícil, já que a própria extensão “bitmap” já significa isso..) para que então eu possa utilizar esse mapa no algoritmo de reconhecimento… Você saberia me dizer se o Image J faz isso, ou se existe outro que eu possa utilizar?
Obrigado pela atenção.
Olá Rodrigo,
Se eu entendi bem o que você está procurando, é algo que cada linguagem de programação tem suas ferramentas para fazer. Todos os programas de imagem extraem os pixels das imagens para processar. Eles fazem isso com as ferramentas da linguagem de programação com que são construídos. O ImageJ também.
Até mais.
Oi Gabriela..
Estou fazendo meu TCC em fisioterapia na área de estética e gostaria de realizar uma pesquisa sobre um determinado procedimento em pacientes portadoras de Lipodistrofia Ginóide (celulite) e gostaria de saber se poderia usar o Image J para avaliar os resultados. Assim, gostaria de saber se é possivel usar o Image J para contar o número e diâmetro de eferas cutâneas que seriam os sinais da lipodistrofia, em fotos de antes e depois de um tratamento.
Aguardo seu retorno;
Vania.
Olá Vania,
Na verdade não sei… porque eu nunca vi este tipo de fotos. Mas tentar é de graça, então acho que você fará muito bem baixando o programa e experimentando. Tente segmentar primeiro, depois disso, medir é o mais fácil.
Boa sorte com seu TCC!
Oi Gabriela, estou fazendo um projeto de análise do teor de gordura em mortadela e linguiça calabresa. Abri a foto no ImageJ, alterei para 16bits, medí a área da rodela de mortadela e gerei o histograma da imagem. Mas eu preciso gerar mais dois histogramas e nao sei como fazer! Tenho q medir a área clara da figura e gerar um histograma, e a área escura e seu histograma. Como faço???
Aguardo retorno!!!!
Nathália M.
Oi, Nathália,
É só selecionar a área da qual você quer obter o histograma (usando qualquer uma das opções de seleção na barra de ferramentas), e Clicar em Analyse –> Histogram.
Está me parecendo que você vai usar análise linear de histogramas… é isso?
Olá,
Gostaria de saber quais são as ferramentas que o Image J ofere para realizar a delimitação de área, e a partir dessa delimitação obter o valor da área selecionada.
Obrigado!
Oi, Marcelo,
A delimitação das áreas é você quem faz, usando as ferramentas de segmentação que quiser.
Olá.
Estou a desenvolver um projecto com base na análise de dados de imagens tomográficas reconstruidas com algoritmos de reconstrução de imagem analiticos e iterativos. As imagens são visualizadas no ImageJ numa direcção transaxial. No entanto, para proceder à analise dos dados preciso de visualizar as imagens reconstruidas também na direcção axial. Gostaria de saber se me pode ajudar, dizendo-me como consigo visualizar as imagens na direcção axial.
Obrigada
Oi Ana!
Eu acho que o Tudor Dicom faz isso. Mas se não fizer, olha com calma a página de plugins do ImageJ que tem bastante coisa nova por lá.
Até mais.
Olá:
Transmiti, em tempo real, imagem de exame de ultrassom para três diferentes avaliadores em locais diferentes. Como faço para avaliar a qualidade entre a imagem original e as imagens recebidas pelos avaliadores em termo de número de pixels?
Grata.
Boa Tarde Gabriela, estou começando a trabalhar com imajej agora, e meu objetivo é pegar uma figura, colocar pontos de forma a copiar a anatomia(contorno) desta figura e utilizar as coordenadas destes pontos para gerar uma figura em outro programa (PATRAN). O patran cria figura através da leitura de coordenadas X,Y,Z. Você sabe me dizer como coloco os pontos na anatomia da imagem no IMAGEJ e depois acesso qual coorrdenada esta cada um dos pontos esta para poder levar este pontos para este outro programa e gerar a mesma figura nele???O imajej gera algum arquivo .dat ou que possa ser aberto no bloco de notas ou em forma de planilha e que me forneça a coordenada que esta o ponto que marquei??
Trabalho com cultura de células e preciso fazer uma sobreposição de imagens. Como faço isto com o Image J?
Oi, Sheila,
Você provavelmente espera que sobrepondo as imagens a de cima vai ficar transparente para que você tenha alguma visão da que está embaixo, né? Se for isso, faça no Gimp, é uma das coisas que ele faz melhor.
Alguém já escreveu um tutorial que explica como: http://www.dicas-l.com.br/arquivo/mixando_duas_imagens_com_o_gimp.php
Bom dia! Inicialmente quero parabenizá-los pelas excelentes respostas que estão nos dando, elas tem nos ajudado muito na solução dos nossos problemas.
Minha duvida de hoje é a seguinte: Queremos fazer a comparação de cor entre dois objetos, sendo que um é o padrão o outro é o que está saindo da linha de pintura. Estamos procedendo da seguinte forma: Colocamos o padrão e a peça da produção lado a lado e tiramos uma foto, em seguida, sem fazer nenhum tratamento na imagem, fazemos uma análise simples no imageJ, e para esta análize definimos em “SET MEASUREMENTS” as opções “MEAN GRAY VALUE e MODAL GRAY VALUE”, e em seguida marcamos uma área do padrão e utilizamos o comando “ANALYSE / MEASURE” depois marcamos uma área equivalente na peça da produção e utilizamos novamente o comando “ANALYSE / MEASURE”. Comparamos os dois resultados e caso os valores sejam proximos dizemos que a peça da produção está de acordo com o padrão. Minha pergunta é: este procedimento está correto, e qual deveria se a diferença máxima entre as duas medições que poderiamos tolerar para aceitar a peça da produção como igual ao padrão?
Desde já agradeço pela atenção dispensada.
Atenciosamente, Leandro
Olá Leandro,
É muito bom falar sobre casos de aplicação real, assim como o seu!
Bom, vamos lá:
1. Fotografar as duas peças juntas é uma ótima estratégia. Dispensa mesmo qualquer correção ou processamento adicional!
2. O que você está fazendo está certo, mas podia ser melhor: você usa apenas o nível de brilho como comparativo, mas cores têm pelo menos 3 dimensões, certo? Então eu converteria para um espaço de cores mais significativo no mundo real (como o HSV) e compararia cada canal, exatamente da mesma forma que você está comparando o brilho agora.
3. Quanto à tolerância (diferença máxima entre as duas medições que poderíamos tolerar para aceitar a peça da produção como igual ao padrão) é de completa responsabilidade de vocês. Uma forma de definir é produzir um conjunto de amostras com diferentes níveis de vadiação, e mostrar a algumas pessoas, perguntando quais são “iguais” e quais são “diferentes”, e depois comparar com os números obtidos na medição da imagem.
Enfim, vocês estão no caminho certo!
Obrigado Gabriela. Mas com a sua resposta me surgiu outra pergunta: Você pode me indicar um programa para executar a conversão para HSV? (Se possível, de preverência que seja free)
Atenciosamente, e novamente Obrigado
Leandro
Olá, pode usar o HSB do ImageJ, é a mesma coisa!
Olá Gabriela! Obrigado novamente.
Com a sua indicação realizamos o seguinte procedimento:
Tiramos a foto do padrão e da peça da produção, uma do lado da outra. Separamos as duas imagens em arquivos distintos. Abrimos a imagem do padrão no ImageJ e utilizamos o comando “PLUGINS / ANALYZE / MEASUR RBG”. Fechamos a imagem do padrão e abrimos a imagem da peça da produção e utilizamos o mesmo comando obtendo uma segunda leitura. Comparamos os valores RED, GREEN e BLUE das duas medições. Se os resultados estão próximos aceitamos a peça da produção como igual ao padrão.
Este novo procedimento está correto?
Atenciosamente,
Leandro Bareta
Sim, Leandro, pelo que você descreveu é correto sim.
Eu trabalho com geis de proteinas 2D, caso não saiba pode ir no google que tem um monte, são imagens com fundo branco e vários spots.
Ai eu quero fazer uma análise comparativa usando a proporção de quanto o spot que eu escolhi representa do todo. tem como fazer isso?
como eu posso descobrir a quantidade de pixels de uma área delimitada de uma imagem?
Desde já agradeço
Túlio,
saber quantos pixels tem, é medir a área do objeto, independente do que ele representa. Tem um artigo em que eu ensinei a fazer isso: http://www.imagesurvey.com.br/2009/02/tutorial-imagej-medicao-de-area-foliar/
Espero que ajude!
Olá, estou tentanto “quantificar” colocalização usando o plugin JacoP; porém as marcações q tenho são Alexa 594 e DAPI. Quando altero o comprimento de onda pra esses marcadores não consigo obter as análises. Gostaria de saber se é possível essas análises com este programa; ou se há outro q permita isso. Obrigada!
bom dia! eu tenho umas fotos de corpo de prova de soldagem e gostaria de fazer calculos de área da solda total e da área da penetração, não sei se está bem explicado o meu objetivo, gostaria de uma ajuda.
Carlos.
Olá Carlos,
Eu não conheço as suas fotos, por isso fica difícil imaginar o que você está descrevendo. Que tal enviar alguma?
Até mais!
olá, bom dia!!
Estou usando o programa Image J para realizar algumas medidas, mas não estou acho como faço para mensurar uma área. Gostaria de saber se tem como isso ser feito. E em caso afirmativo, diga-me por favor o passo a passo.
Agradeço a compreensão.
Olá Mara,
está tudo explicado aqui:
http://www.imagesurvey.com.br/2009/02/tutorial-imagej-medicao-de-area-foliar/
Gostaria de saber como colo uma foto do ImageJ para um documento como word?
Olá Gabriela,
Tenho uma membrana polimérica porosa assimetrica e necessito caber o diametro medio dios poros desta membra tem como fazer pelo iamgeJ.
Grato
Paulo
Olá Paulo,
O ImageJ não faz nada para você se você não souber o que está fazendo. Escolha um método de segmentação adequado e use as ferramentas de medição e provavelmente você consegue.
Até mais!