A partir dos comentários de Esteban Nicolás e Frederico Lage Pinto, que recebi o artigo sobre medição de área foliar, resolvi escrever este tutorial. Algumas vezes é preciso adquirir imagem com as ferramentas que temos, e nem sempre elas medem a escala sozinhas. Por isso aí vai um meio de adquirir imagens até mesmo com uma câmera comum, sem esquecer dos requisitos para que a imagem possa ser usada para medir aquilo que estamos fotografando.
A câmera
O tipo de câmera vai depender, primeiro, do seu orçamento. O meio-bit fotografia tem sempre as novidades dos últimos lançamentos-sonho-de-consumo, no caso de você precisar adquirir uma câmera. Mas nem todo mundo precisa da câmera mais sofisticada.
Para quem vai fotografar coisas realmente pequenas, é preciso dar atenção especial às lentes. Elas têm que ser próprias para macrofotografia. Para quem vai fotografar em ambiente fechado, o flash é fundamental. Repare: no exemplo que coloquei aqui, não seriam necessárias nem lentes especiais, nem flash.
Iluminação

Exemplo deste tutorial: folhas, de novo...
Escolhi fotografar na varanda, próximo do meio-dia para não ter que me preocupar com a iluminação. Usei o que é de graça: o sol. Como está um pouco nublado, a luz difusa até reduziu as poucas sombras. Ficou quase perfeito.
A iluminação é importante para criar uma imagem fácil de segmentar. Se temos muitas sombras, elas se confundem com os objetos, e tornam-se um problema. O ideal é usar a iluminação vinda da mesma direção em que está a câmera como, por exemplo, o flash.
A escala
Para poder determinar a escala, coloquei meu escalímetro ao lado das folhas. É claro que você pode usar uma régua comum, ou ainda desenhar uma medida na folha de papel que vai servir de fundo. Se usar um microscópio, existem escalinhas próprias para isso. O importante é que alguma medida conhecida apareça na fotografia.
Agora sim, como se faz:
Depois de importar a fotografia para o seu computador, salve em .tif ou .png. Nunca trabalhe com arquivos .jpg porque eles perdem informação cada vez que são salvos. Depois abra a imagem no ImageJ. Começamos a partir daí:

Medição de um comprimento conhecido, com a ferramenta de medir linha.
- Certifique-se de que a imagem está sem escala: No menu Analyse, click em Set Scale. Quando o diálogo aparecer, clique em Remove Scale. Depois feche o diálogo.
- Aproxime a sua imagem (zoom) na região em que aparece a escala.
- Use a ferramenta de medir linha para saber alguma distância em pixels. No exemplo, usei 3 cm (30 mm). A medida vai aparecer abaixo do menu principal do ImageJ.
- Abra de novo o diálogo Set Scale, e sua medida deve aparecer lá, na primeira caixa de texto. Preencha as outras como eu fiz e clique OK.

Preenchimento do diálogo Set scale, do ImageJ.
Só isso
Note que o ImageJ calculou a escala e colocou na parte da baixo do diálogo, na unidade que eu escolhi. A partir de agora todas as medidas que o programa informar, vão estar em milímetros.
Se medir sobre a escala de novo terá sua medida real. Agora você pode usar a imagem para quaisquer medições. Se usou uma escala que ocupa espaço, como a minha, corte a imagem e tire ela de lá.
Agora você já pode medir as folhas.
Para processar em lote
Se precisar de várias imagens, fixe a câmera, de forma que tenha sempre a mesma distância entre ela e os objetos que vai fotografar. Assim pode usar a mesma escala em todas as imagens.
Crédito das imagens: são minhas.


Por acaso alguem esta tendo problemas tb no passo 4(“Abra de novo o diálogo Set Scale, e sua medida deve aparecer lá, na primeira caixa de texto…”) ??
Qdo abro o diálogo Set Scale a medida não está lá !!! Continua zerado!
Att,
Guilherme
Oi, Guilherme!
Não sei dizer o que está acontecendo no seu caso, mas você pode fazer manualmente:
Quando medir, observe o comprimento no menu do ImageJ (length=xxx). Anote este valor e digite na caixa de texto correspondente.
Espero que ajude, Até mais!
Olá Gabriela, gostaria de saber se é possível analisar comprimento de raízes através do ImageSurvey. Atualmente uso o método da quadrícula mas, dependendo da quantidade de amostras… é no mínimo bastante cansativo
Olá, Alceu!
Bom, o ImageSurvey é este blog. Ele não analisa nada… Você deve estar querendo fazer sua análise usando imagens, em um software, como o ImageJ, certo?
Não tenho a resposta pronta, mas acho que é possível, sim. Vamos fazer o seguinte: tire uma foto das suas raízes sobre a quadrícula, e envie para o meu email (ver contato). E fale um pouco da sua pesquisa tembém… quem sabe inventamos esse método de medição e publicamos por aí…
Ola Gabriela,
Reinstalei o programa e passou a operar normalmente, calibrando corretamente ao seguir as instruções do tutorial acima.
Agora, para processar em lote, tem jeito dele manter a calibração e gerar apenas 1 planilha ? Pois a cada imagem ele solicita calibração, e não aparece mais de uma medição por planilha!
Abs,
Oi Guilherme,
Para manter a calibração para todas as imagens basta marcar a opção Global no final da Janela Set Scale.
Agora, para ter apenas uma planilha como resultado você precisa processar as suas imagens em lote. Tem um roteiro aqui, e uma dica de plugin, caso você prefira,
Até mais!
Show de bola. Vai ajudar bastante. Obrigado
Gabriela… há tempo que procurava este tipo de informação… acredito que será muito útil em minhas pesquisas. Parabéns pela excelente explicação e pelo empenho em ajudar. Continue assim… Farei uns testes e logo entrarei em contato contigo.
Obrigada
Pode entrar em contato, sim.