A partir dos comentários de Esteban Nicolás e Frederico Lage Pinto, que recebi o artigo sobre medição de área foliar, resolvi escrever este tutorial. Algumas vezes é preciso adquirir imagem com as ferramentas que temos, e nem sempre elas medem a escala sozinhas. Por isso aí vai um meio de adquirir imagens até mesmo com uma câmera comum, sem esquecer dos requisitos para que a imagem possa ser usada para medir aquilo que estamos fotografando.
A câmera
O tipo de câmera vai depender, primeiro, do seu orçamento. O meio-bit fotografia tem sempre as novidades dos últimos lançamentos-sonho-de-consumo, no caso de você precisar adquirir uma câmera. Mas nem todo mundo precisa da câmera mais sofisticada.
Para quem vai fotografar coisas realmente pequenas, é preciso dar atenção especial às lentes. Elas têm que ser próprias para macrofotografia. Para quem vai fotografar em ambiente fechado, o flash é fundamental. Repare: no exemplo que coloquei aqui, não seriam necessárias nem lentes especiais, nem flash.
Iluminação
Exemplo deste tutorial: folhas, de novo...
Escolhi fotografar na varanda, próximo do meio-dia para não ter que me preocupar com a iluminação. Usei o que é de graça: o sol. Como está um pouco nublado, a luz difusa até reduziu as poucas sombras. Ficou quase perfeito.
A iluminação é importante para criar uma imagem fácil de segmentar. Se temos muitas sombras, elas se confundem com os objetos, e tornam-se um problema. O ideal é usar a iluminação vinda da mesma direção em que está a câmera como, por exemplo, o flash.
A escala
Para poder determinar a escala, coloquei meu escalímetro ao lado das folhas. É claro que você pode usar uma régua comum, ou ainda desenhar uma medida na folha de papel que vai servir de fundo. Se usar um microscópio, existem escalinhas próprias para isso. O importante é que alguma medida conhecida apareça na fotografia.
Agora sim, como se faz:
Depois de importar a fotografia para o seu computador, salve em .tif ou .png. Nunca trabalhe com arquivos .jpg porque eles perdem informação cada vez que são salvos. Depois abra a imagem no ImageJ. Começamos a partir daí:
Medição de um comprimento conhecido, com a ferramenta de medir linha.
- Certifique-se de que a imagem está sem escala: No menu Analyse, click em Set Scale. Quando o diálogo aparecer, clique em Remove Scale. Depois feche o diálogo.
- Aproxime a sua imagem (zoom) na região em que aparece a escala.
- Use a ferramenta de medir linha para saber alguma distância em pixels. No exemplo, usei 3 cm (30 mm). A medida vai aparecer abaixo do menu principal do ImageJ.
- Abra de novo o diálogo Set Scale, e sua medida deve aparecer lá, na primeira caixa de texto. Preencha as outras como eu fiz e clique OK.
Preenchimento do diálogo Set scale, do ImageJ.
Só isso
Note que o ImageJ calculou a escala e colocou na parte da baixo do diálogo, na unidade que eu escolhi. A partir de agora todas as medidas que o programa informar, vão estar em milímetros.
Se medir sobre a escala de novo terá sua medida real. Agora você pode usar a imagem para quaisquer medições. Se usou uma escala que ocupa espaço, como a minha, corte a imagem e tire ela de lá.
Agora você já pode medir as folhas.
Para processar em lote
Se precisar de várias imagens, fixe a câmera, de forma que tenha sempre a mesma distância entre ela e os objetos que vai fotografar. Assim pode usar a mesma escala em todas as imagens.
Crédito das imagens: são minhas.
Por acaso alguem esta tendo problemas tb no passo 4(“Abra de novo o diálogo Set Scale, e sua medida deve aparecer lá, na primeira caixa de texto…”) ??
Qdo abro o diálogo Set Scale a medida não está lá !!! Continua zerado!
Att,
Guilherme
Oi, Guilherme!
Não sei dizer o que está acontecendo no seu caso, mas você pode fazer manualmente:
Quando medir, observe o comprimento no menu do ImageJ (length=xxx). Anote este valor e digite na caixa de texto correspondente.
Espero que ajude, Até mais!
Olá Gabriela, gostaria de saber se é possível analisar comprimento de raízes através do ImageSurvey. Atualmente uso o método da quadrícula mas, dependendo da quantidade de amostras… é no mínimo bastante cansativo
Olá, Alceu!
Bom, o ImageSurvey é este blog. Ele não analisa nada… Você deve estar querendo fazer sua análise usando imagens, em um software, como o ImageJ, certo?
Não tenho a resposta pronta, mas acho que é possível, sim. Vamos fazer o seguinte: tire uma foto das suas raízes sobre a quadrícula, e envie para o meu email (ver contato). E fale um pouco da sua pesquisa tembém… quem sabe inventamos esse método de medição e publicamos por aí…
Ola Gabriela,
Reinstalei o programa e passou a operar normalmente, calibrando corretamente ao seguir as instruções do tutorial acima.
Agora, para processar em lote, tem jeito dele manter a calibração e gerar apenas 1 planilha ? Pois a cada imagem ele solicita calibração, e não aparece mais de uma medição por planilha!
Abs,
Oi Guilherme,
Para manter a calibração para todas as imagens basta marcar a opção Global no final da Janela Set Scale.
Agora, para ter apenas uma planilha como resultado você precisa processar as suas imagens em lote. Tem um roteiro aqui, e uma dica de plugin, caso você prefira,
Até mais!
Show de bola. Vai ajudar bastante. Obrigado
Gabriela… há tempo que procurava este tipo de informação… acredito que será muito útil em minhas pesquisas. Parabéns pela excelente explicação e pelo empenho em ajudar. Continue assim… Farei uns testes e logo entrarei em contato contigo.
Obrigada
Pode entrar em contato, sim.
Valeu Gabriela!
Salvou minha pele. Assim não vou precisar usar do trabalhoso metodo dos papeis milimetrados.
Vou citar seus artigos eletronicos nas minhas publicações.
Mui grato.
Olá Eduardo!
Legal, obrigada!
Olá sou estudante de veterinária e estou trabalhando com medições em músculos de ovinos através das imagens do ultrassom, e para mensurar a área estou usando o image J, que com videos AVI está indo tudo bem, no entanto quando tento abrir as imagens do tipo MPG, não consigo, como faço para o image J aceitar vídeos MPG?
Atenciosamente
Olá Mario,
Para dizer a verdade não sei ao certo. Uma pesquisa rápida no Google não me deu nenhum resultado que resolva isso, então pode ser que o imageJ não aceite MPEG mesmo.
Mas você sempre pode perguntar na lista – se existir um meio, alguém vai te dizer.
Boa sorte, e até mais!
Olá! Você saberia como medir objetos que não estejam em linha reta? No meu caso são peixes. Obrigada!
Olá Claudia,
Você quer medir peixes em planos diferentes de uma cena em 3D…
Bom, você precisaria de duas câmeras e muita, MUITA matemática (do tipo que envolve matrizes) – isso pode ser encontrado em livros que tratam de “Computer vision” e “Machine vision” – em inglês mesmo, porque você não vai encontrar bons livros sobre o tema em português.
Boa sorte!
Olá!
Parabéns , pelo Blog, muito bom!!!
Queria perguntar, se for possivel, se no image J é possivel , “colar” uma régua na foto que estamos a analisar.Passo a explicar:
Tenho que tirar algumas fotos a ovos de peixe, utilizando uma lupa e câmera fotográfica, gostaria de saber se o image J têm disponivel nas suas ferramentas uma escala de referencia (1 mm) que possa ser adicionada as fotos.
Se a resposta for não , têm alguma sugestão?
Muito obrigado
Rui
Eu entendi direito?
Você quer desenhar uma escala na imagem DEPOIS que ela for captada? Só para ter um desenhinho de escala que não corresponde à escala correta? É claro que não tem no ImageJ, porque ele é feito para medir informações que são reais, que dão resultados reais.
Ou você quer que o programa ADIVINHE a escala correta e coloque a régua correspondente? Isso é meio impossível, né?
Bom, espero que eu tenha entendido errado…
Olá
Ok, a minha questão não foi bem colocada.
Vou tentar assim:
Após medir os ovos, através da scale do image J ,será que consigo introduzir a escala na foto, de modo a apresentar essa foto com uma escala, para referencia?Ou só posso apenas medir os ovos e guardar os valores?
Obrigado
Você pode desenhar qualquer coisa na sua imagem, mas como vai descobrir o tamanho da escala que tem que desenhar? Ou, como vai descobrir a escala para então poder medir os ovos? Se você está usando uma máquina fotográfica você não sabe a escala, a máquina não sabe a escala, e não tem como o ImageJ saber. Por isso fotografamos uma régua junto com os outros objetos da imagem: para ter algo de tamanho conhecido e poder descobrir a escala. Se você não tem isso, não tem como saber a escala, para poder desenhá-la depois.
Boa noite!
Como vai Gabriela?
Por favor você poderia disponibilizar um exemplo de como utilizar o “Microscope profiles Menu”? Estou tentando colocar barra de escala em umas fotos de tecido vegetal, mas estou tendo dificuldades.
Preciso medir imagens de ferramentas de corte (usinagem) e estou tendo dificuldades com a escala. Você poderia me dar uma dica? obrigada
Olá, Ana Lúcia,
Infelizmente não, porque eu nunca usei esta ferramenta. Mas acredito que o google vai poder te ajudar nessa.
Até mais!
Olá,
Tenho várias dicas aqui: escala.
Até mais!
Ola boa tarde
Depois de muitooo pensar,rss resolvi pedir um help! Minha pesquisa trabalha com quantificação computadorizada de areas irregulares em feridas, no caso consegui isolar a area especifica da ferida (pelo threshold) mas dai como calculo a area? (seria Analise –> measure) e o resultado é a area? se puder entrar em contato por email posso mandar a imagem por email para que vc possa entender porque só quero a area central. Obrigada pela ajuda! abraços
Oi, Aline,
aprenda a medir a área aqui: http://www.imagesurvey.com.br/2009/02/tutorial-imagej-medicao-de-area-foliar/.
Até mais!
Olá! Sou aluno de mestrado e meu trabalho envolve morfoanatomia foliar. Dá para usar o ImageJ para medir nas folhas o comprimento, largura, comprimento do pecíolo e nervuras? Agradeço se me der uma ajuda, será de grande utilidade em minhas pesquisas.
Grato. =)