Já faz um tempo que não escrevo sobre DICOM, apesar de ter estudado bastante esse assunto ultimamente. Para quem pegou a conversa pela metade, DICOM é o padrão utilizado no mundo todo para imagens médicas. Hoje vou falar um pouco sobre como são organizados exames inteiros neste padrão.

Como funciona

Exemplo de exame com várias imagens.

Nos equipamentos de exame mais complexos, com o de Tomografia e o de Ressonância magnética, cada exame é composto de várias imagens. Na maioria das vezes são imagens de secções (fatias) do corpo do paciente. Além da imagem, o arquivo também guarda informações sobre o ângulo, orientação e outras formas de localizar cada secção quando as imagens forem analisadas.

Estas imagens ficam organizadas em uma hierarquia que pode ser vista como o sistema de pastas que usamos normalmente (e é representada por pastas na maior parte dos visualizadores).

Cada exame é um estudo (study), e é o equivalente ao diretório raiz daquele exame. Todas as imagens de um mesmo estudo possuem o mesmo valor na tag Study Instance UID (0020,000D).

Hierarquia de um estudo (exame) em DICOM.

Alguns exames requerem a obtenção de imagens em várias posições, ou níveis de exposição. Neste caso, o estudo é dividido em séries (series), sendo que cada série corresponde a uma posição, por exemplo. Todas as imagens da mesma série possuem o mesmo valor na tag Series Instance UID (0020,000E).

Cada série contém um número de imagens, ou fatias (slices). Cada uma das imagens é um DICOM Information Object (vou traduzir como Objeto-informação). Cada objeto contém informação suficiente para que se saiba a que estudo e paciente ele pertence, mesmo que seja separado dos outros. Cada objeto possui um identificador único, na tag Instance UID (?ver número da tag), capaz de determinar se um objeto (imagem) já existe ou não em um determinado banco, evitando duplicações.

Na página do Osirix tem estudos completos para baixar e usar como exemplo. E se você tem um Mac pode usar o Osirix para ver as imagens.

Software

Procurei por semanas um software que funcionassem no Ubuntu e fosse capaz de abrir estudos inteiros e me deixar visualizar as imagens em séries…

O Aeskulap viewer parece fazer isso, mas por alguma razão obscura não funcionou no meu computador.

ImageJ (de novo)

Mosaico construído com o ImageJ, de uma série de um dos exames disponíveis para download na página do Osirix.

Semanas depois descobri um programa capaz de abrir uma série em cada janela, como um conjunto de stacks: Adivinhe se puder:
o ImageJ.

É só ir no menu File –> Import –> Image sequence… e escolher uma série. Não clique sobre nenhum arquivo, apenas coloque um asterisco na caixa de texto onde deveria ficar o nome do arquivo. Vai abrir uma janela com algumas opções de seqüencia de imagens. Se não tiver preferências em específico, clique OK.

As imagens abrem na mesma usada para os stacks, e é possível passar as imagens manualmente, exibir como filme ou gerar mosaicos. Mas o ImageJ não abre imagens compactadas.

Existe um plugin chamado Tudor DICOM que funciona como um visualizador DICOM dentro do ImageJ, e até tem uma versão “stand alone”, mas por algum motivo bizarro (de novo) não consegui fazer funcionar. Entrei em contato pela lista, mas ninguém pôde me ajudar, já que parece ser um problema meio incomum.

Outros

Neste fórum, encontrei o 3D Slicer. Estou baixando ele neste momento e pretendo instalar e testar nesta semana.

Alguém conhece outro bom visualizador DICOM que funcione em Linux? Por favor envie um comentário. Ainda quero fazer uma lista com estes recursos todos aqui no blog.

(Créditos: A primeira imagem é um PET scan, uma técnica de medicina nuclear, de Reigh LeBlanc.)

Até mais!