Antigamente, quando os microscópios não tinham câmeras digitais, e era usado só para observar a imagem, o aumento (10 vezes, 1000 vezes, etc) era suficiente para estabelecer uma ideia de escala. Essa ideia de escala era mais usada como ideia mesmo, e não se media tanto as estruturas observadas como se mede hoje. Mas agora que podemos medir com precisão, precisamos de mais precisão na escala também, certo? #comofaz?
Esta foi uma das imagens cedidas por Jorge Alves (a quem fiquei devendo algumas respostas ainda antes de sair de férias). Vamos a uma delas: como se usa a escala pré-definida no ImageJ, ou em qualquer outro programa parecido?
A imagem tem aumento de 1000 vezes (essa informação é fácil de obter porque só depende da lente que está sendo usada), então a escala é… bom, depende. Depende principalmente do tamanho dos pixels captados pelo sensor da câmera. O procedimento mais comum nestes casos é usar uma lâmina com uma escala impressa e fotografá-la com a mesma câmera, configurada da mesma forma, e com a mesma lente que se fotografa as amostras.
Tendo as duas imagens, fica simples calcular a escala. Vou usar o ImageJ só porque falo dele toda hora, mas outros programas que usam escala também tem procedimentos parecidos:
Em 5 passos
1. Abra as imagens com que você vai trabalhar: a do tecido, célula ou algo assim; e a da escala;
2. Agora abra a informação de escala (no ImageJ: Anialyze –> Set Scale…) certifique-se de que não haja nenhuma escala definida, ou que ela seja: No ImageJ, use a distância em pixels e a distância conhecida iguais a zero.
3. Use uma ferramenta de medição de distância para medir, na régua, a maior distância conhecida que você tiver. Aqui neste caso, eu sei que cada tracinho é um milímetro, então vou desenhar a minha linha por 12 milímetros e ver quantos pixels ela tem: 1380 pixels de comprimento.
4. De posse desta medida, abra o diálogo de escala novamente. Digite as informações como na figura – é importante marcar a caixa “Global” para indicar que todas as imagens terão aquela escala. Se você não fizer isso o programa usa aquela escala apenas para imagem em foco (a da escala) e as que interessam ficam sem escala. Eu escolhi ter a escala em milímetros, mas se quiser usá-la em micrômetros é só informar o valor em micrômetros que corresponde a 12 milímetros… (neste caso, claro).
Diálogo de Escala
5. Pronto! Agora qualquer medida sobre qualquer imagem vai sair em milímetros, na escala correta.
Medindo
Resultados das medidas
Se quiser que os resultados apareçam tabelados assim, a cada linha que desenhar clique em Analyze –> Measure. As medidas da tabela dá para salvar e usar em uma planilha.
Esta é a forma mais fácil de medir larguras e distâncias na imagem se você tem poucas medidas a fazer (e poucas imagens para medir). Não há preocupação com métodos de segmentação e de como o programa vai identificar os pontos corretos. É tudo visual e simples.
Até mais!
Obrigada!!!!
Você salvou meu trabalho.
Da nada, Rosana!
Volte sempre que precisar…
Gabriela, em relação a escala, o importante é que eu fotografe uma escala qualquer (desde q saiba a medida) na mesma câmera e tamanho da lente (do microscópio) q fotografei minhas imagens, não é?
Sim, Wanessa.
Se você tem intimidade com a matemática consegue resolver o problema da escala com a velha regra de três!
Oi Gabriela.
Estou fazendo mestrado e já utilizei o imaje j em meus trabalhos de iniciação científica. No entanto, a análise de imagens realizada anteriomente foram imagens obtidas via microscopia óptica digital de amostas impregnadas com resina fluorescente a qual facilitou o parâmetro de binarização e definição dos poros do solo que estavam sendo estudados. Agora, as imagens foram obtidas via tomografia de raios x da matéria orgânica retirada do solo e meu interesse é estudar e caracterizar as propriedades físicas destas. Porém as imagens aparecem em diversos tons que que variam do preto ao branco indicando as diversas densidades das MO contidas. Como faço para obter a contagem destas partículas de acordo com as diferentes densidades? Que ferramenta posso utilizar do imaje J?
Olá, Sabrina.
Só pela descrição das imagens eu não consigo saber como elas são. Que tal me enviar algumas (o email está na página de contato).
Até mais!
Bom dia Gabriela.
Recebi umas imagens de microscopia óptica e só conheço delas a ampliação em que foram feitas (5x, 100x e etc). Não tenho nenhuma parte da imagem que eu conheça as dimensões para usar de referência. Precisava montar uma escala. É possível montar uma escala somente usando como base a ampliação da imágem? Muito obrigado
Não é possível, Felipe.
Sua melhor chance é perguntar a quem lhe enviou as imagens se eles têm informação de escala.
Olá Gabriela, parabéns pelo blog, ele é muito didático tem me auxiliado muito.
Tenho um conjunto de imagens em stack e preciso fazer delimitações em retângulo. No entanto não consigo fazer duas coisas: ter a medida da área do retângulo construído. E inserir um retângulo menor ao centro. Preciso desses dois parâmetros na mesma imagem para fazer contagem de células gliais e células neuronais. Você tem alguma luz? a minha escala está calibrada! obrigada abraços
Olá Gabriela!
Blog excelente!
Estou trabalhando com fotomicrografias de aço e estou com dúvidas quanto a maneira de colocar a barrinha de escala (proporção) nas fotos. Segui este post “Usando escala pré-definida em microscopia ótica digital”, mas não observei nenhuma menção a respeito. Você poderia me ajudar?
Grato,
Claudinei
Olá, Claudinei,
Você não é a primeira pessoa que me pergunta isso, mas eu ainda não tenho a resposta. Se você já conhece a escala pode desenhar a barra à mão, observando a medida real da linha e desenhando a graduação de acordo. Mas se você não souber a escala, desenhar a barrinha não vai te ajudar.
Até mais,
Olá Kátia,
Procure, nos manuais do ImageJ (eles deram uma boa melhorada), instruções de como usar o ROI manager. Esta ferramenta é o que te permite controlar seleções e medi-las com mais flexibilidade.
Até mais,