Para mostrar um pouco do Anima, revisitei o primeiro tutorial deste blog: Como contar objetos. O resultado coloquei num vídeo.

A interface ainda tem seus defeitos (como o fato dos diálogos não abrirem onde querem, às vezes fora da janela principal), mas estamos trabalhando nisso também.

O importante neste projeto é que está sendo construído como uma plataforma de testes e desenvolvimento, isto é, arquitetura de software favorecendo a extensão.

Por enquanto, é um software mais para desenvolvedores, e “beta-testers”, mas pretendemos facilitar as coisas para o usuário comum, com dicas e informações na interface. Alguns alunos do LaCA já estão utilizando o Anima para implementar seus projetos de pesquisa e as novas ferramentas estão por vir.

As metodologias ágeis começaram a ser conhecidas a partir da publicação do manifesto ágil, em 2001. Estes autores reuniram suas experiências e colocaram no papel na web, em pontos claros e sem muita conversa, um conjunto de princípios pelos quais eles defendem que o desenvolvimento de software deve se guiar.

Durante sua pesquisa, Jean separou dois métodos (ou frameworks, ou metodologias, ou modelos… deixo para os acadêmicos a discussão de nomenclatura), estudou e aplicou nas nossas equipes de desenvolvimento, das quais também participo.

Usamos o SCRUM e o XP.

Na prática

Antes que me pergunte, não chegamos a adotar a controversa programação em pares do XP, mas é algo que não descartamos para o futuro.

Um quadro de scrum na Animati Computação Aplicada

Usamos os ciclos curtos de entrega ao cliente, a priorização para a implementação de funções que agregam valor ao software, a refatoração frequente do código, a padronização da codificação para que todos possam entender o código todo, o quadro de tarefas do Scrum com gráfico e tudo, e alguns outros.

A figura aqui ao lado é o quadro durante o primeiro sprinte de um projeto de computação científica que ainda está em andamento. Dá para ver que não é nada sofisticado, mas acreditem: isso funciona. O importante é que todos ficam sabendo o que já está pronto e o que ainda falta fazer.

O fato de sabermos que nenhum código é imutável, e que qualquer coisa pode ser refatorada a qualquer momento diminui a insegurança de tentar algo novo, e faz com que se tenda a adotar uma das boas práticas: encapsular. Isso é particularmente importante em projetos como os que trabalhamos às vezes, em que não há certeza sobre o que  vai funcionar no final.

Quanto ao quadro, é ótimo para manter a equipe sempre informada, mas pode ser que tenhamos que achar outra solução, agora que algumas equipes vão incluir estudantes de mestrado e graduação, que não ficam na mesma sala. E teremos que achar um substituto para as reuniões diárias também.

Os clientes

Até agora todos gostaram das entregas mais frequentes. É mais fácil discutir requisitos com algo para ver. A confiança na equipe também aumenta conforme o cliente  vê o trabalho sendo feito.

As metodologias ágeis nas empresas de software

A adoção de metodologias ágeis é uma tendência mundial. É bom para TODOS os projetos? Claro que não, essas coisas nunca são unânimes. Mas é bom para uma boa parte de empresas.

Por isso, aqui em Santa Maria, algumas empresas se uniram, entre outras coisas, para melhorar seus processos. E escolhemos o SCRUM para estudar e implementar. A Animati e a Sicon já tinham começado, e agora as outras empresas do CentroSoftware tembém vão “agilizar” seus projetos de software.

Queremos que Santa Maria torne-se um pólo de desenvolvimento de software,  e que passe a se beneficiar de uma parte maior do conhecimento gerado em suas universidades.

Para começar, os posts que mais gostei de escrever

Como usar o ImageJ – Este foi escrito baseado nas palavras-chave que mais trazia visitas ao blog naquele mês: “como usar o ImageJ”, e é um guia de como começar a usar esta ferramenta.

Resolução espacial, ou o tamanho do pixel em imagens digitais – Este podia fazer parte do que os antigos chamam de “amança burro”, ou dicionário. Serve para colocar as coisas no seu lugar, quando alguém pergunta se dá para o programa não “pixelar as imagens quando se dá zoom”! (conheço professor que indicou como leitura obrigatória…)

Tutorial ImageJ: como “medir a cor” dos objetos – Trabalhar com cores é uma parte interessante do processamento de imagens. Tem a ver com definir palavras das quais a gente aprende o significado sem ninguém explicar: vermelho, azul, verde…

Densidade Radiológica – Radiologia. Área nova para mim, mas que agora é boa parte do que faço. Este artigo deu trabalho, principalmente a maior parte do material que está na internet é escrito para médicos radiologistas, e não se preocupa em fazer a ponte entre a matemática e seu segnificado semântico (aqui está a ponte!)

ImageJ evolution! – Uma boa notícia!

Os mais acessados de 2009

1. Como usar o ImageJ – o guia definitivo!
2. Radiologia e diagnóstico por imagens – este é de 2008! Acho que merece uma atualização.
3. Ultrassonografia
4. Resolução espacial, ou o tamanho do pixel em imagens digitais
5. Tutorial ImageJ – medição de área foliar – foi o quinto em acesso, mas o campeão em comentários!

A perguntas legais que recebi

Muitas perguntas legais que recebi se transformaram em tutoriais. O quinto em acesso e primeito em comentários (ver lista acima) foi um deles, mas não o único. Teve este, que adorei escrever, porque tive permissão para usar as imagens reais:

Tutorial ImageJ – usando seleção manual e ROI Manager

Teve também este, onde acabei pegando emprestado uma resposta do Proj. Juca, que eu sempre convido para escrever aqui, mas ele nunca tem tempo:

Objeto ou superfície?

Teve muitas outras perguntas que não viraram posts. Estas não são menos importantes. Tem algumas para as quais não consegui achar resposta – a vida de pesquisador é assim mesmo, às vezes precisa de mais trabalho.

Hoje tenho 6 imagens no meu desktop, esperando por inspiração… (se você enviou uma imagem e ainda não recebeu resposta, a sua é uma delas).

Muito obrigada pelas perguntas e comentários!

Outras coisas que aconteceram neste ano

O número de visitantes mensais do ImageSurvey subiu bastante, o que me deixou muito feliz e motivada para continuar.

Minha empresa teve um projeto aprovados para receber financiamento da FINEP . Como boa parte do público-alvo é medicina (conheça o Xiroo PACS), esperem mais artigos de Radiologia para 2010.

Aqui em Santa Maria criamos o Grupo CentroSoftware, para potencializar as empresas de software da nossa região (nas quais a Animati está incluida). Como grupo, participamos da FEISMA, e conquistamos alguma visibilidade local (e alguns novos clientes também).

Troquei de computador e mudei de sistema operacional (Plugins do ImageJ no Ubuntu). Sinceramente, me senti evoluindo ao deixar para trás a luta diária com os programas da M$.

Também ganhei um iPhone! Ainda estou aprendendo a usar aquele teclado virtual apertado, mas é ótimo aproveitar o tempo (que seria perdido) na fila do banco para ler os feeds.

Que venha 2010

Como o número de visitas já começou a sua queda de férias (os pesquisadores deve estar todos na praia a essa hora), devo diminuir a frequência de posts nos próximos dois meses, fazer umas melhorias no blog (a última atualização me deixou sem o plugin que usava para inserir os posts relacionados) e me dedicar mais à empresa.

Mas não deixem de perguntar, comentar e enviar sugestões, estarei do outro lado do formulário/email como sempre.

Ufa, foi isso…
Até o próximo post!

Porque isso é uma boa notícia

É fato notório para a comunidade de usuários e desenvolvedores que a arquitetura do ImageJ é ultrapassada, que falta flexibilidade na interface, que alguns formatos de dados não são suportados, etc.

Tanto é, que várias iniciativas já iniciaram no sentido de ‘reformar’ o ImageJ, mas morrem na praia quando se deparam com obstáculos como falta de $$$ e discordâncias sobre qual seria a melhor ‘reforma’.

O novo projeto – imagejdev.org – tem os dois. O apoio financeiro de uma agềncia do governo americano, e um conjunto de diretrizes e objetivos, que foram levantados a partir de estudos prévios de vários projetos de ‘reforma do ImageJ’. Além disso Wayne Rasband, o ‘pai do ImageJ’, também apoia o projeto, o que facilita muita coisa.

A missão

Uma missão conhecida por todos norteia um projeto, estabelecendo quais aspectos são importantes (e evitando repetidas crises de identidade periódicas).

A missão do imagejdev inclui manter uma versão oficial do ImageJ em desenvolvimento, atender a maior comunidade possível e manter o máximo possível de compatibilidade com os plugins que já existem. Além disso, deve servir como uma central online de recursos (downloads, listas de plugins, etc.), como é comum em projetos open-source.

O plano técnico

Estão fixadas metas e objetivos técnicos, também. A íntegra pode ser lida em inglês em ImageJ as an Extensible Image Processing Framework.

Destaco os seguintes:

• Separação entre os métodos matemáticos e a interface: isto é fundamental para que se possa desenvolver versões customizadas e fáceis de usar, para usuários iniciantes e outros casos especiais. Também possibilitaria o uso do ImageJ como uma biblioteca, para o desenvolvimento de outros aplicativos.
• Crescer com o apoio da comunidade, sem perder compatibilidade com plugins já existentes: isto é um grande desafio, e foi empecilho para muitos outros projetos precursores deste.
• Expandir funcionalidades interagindo com outros projetos: Já está previso o envolvimento da equipe com dois projetos: o VisBio, e o CellProfiler. O novo ImageJ deverá ser capaz de trabalhar integrado a estes softwares. Se a experiência der certo, é claro que podemos pensar em outros…

Como acompanhar os próximos acontecimentos

Na sessão blogs, já há alguns posts de integrantes do projeto, e tem RSS (já assinei).

Eu também vou acompanhar, por isso vale também assinar o RSS do ImageSurvey, e me seguir no twitter!

Saiu o resultado do prêmio Nobel de Física de 2009, e três pesquisadores vão dividir o prêmio.

Charles Kao foi responsável pelo aperfeiçoamento das fibras ópticas que permitiu o uso dessa tecnologia para a transmissão de dados a longa distância.

Willam S. Boyle e George E. Smith inventaram o sensor CCD, que permite o registro digital de imagens e que levou à substituição das câmeras fotográficas com filme pelas digitais.

Não coloco link para a fonte porque uma pesquisa no google mostrou milhões de jornais (e alguns blogs) com a mesma notícia. Este post é só para registrar e comemorar a data, mesmo.

Os dois trabalhos premiados estão entre as tecnologias básicas que tornam possível muito do que fazemos hoje em nossa “vida virtual”, sem falar na área de pesquisa da qual trata este blog. O CCD trouxe as imagens para meio digital. Simples assim. Isso é o que torna possível processar, analisar e modificar imagens digitalmente.

É comum deixarmos de pensar em toda a pesquisa e trabalho que nos trouxe até aqui, mas dias como este estão aí para nos lembrar.

Até mais!

Protesto: Quando os Jornalistas vão aprender a fazer links?

Tive que ir ao google (e usei o ubiquity, que faz disso uma tarefa de milissegundos) para encontrar a verdadeira FONTE. Aqui está:

Open-source camera could revolutionize digital photography

O vídeo, em inglês explica a ideia dos pesquisadores, e como eles estão trabalhando no projeto:

A grande vantagem de ter uma câmera open-source é que você pode modificar o software, e personalizar coisas que até então nós simplesmente aceitamos. Hoje a gente escolhe a câmera entre os modelos que existem (e que podemos comprar). Quem sabe daqui um tempo, laboratórios e cientistas poderão captar suas imagens da maneira que bem quiserem. Conheço um físico que vai adorar isso…

Sei, isso não parece ser para usuários comuns… e não é. Mas nada impede que venha a ser algum dia.

Ah, as referencias e os detalhes técnicos

A notícia original traz muitas informações para quem quiser se aprofundar no assunto. A Frankencamera (chamada assim por ser montada usando peças de várias outras) é parte do projeto Camera 2.0. Lá você descobre quem financia o projeto e encontra algumas publicações relacionadas.

Para quem se interessou e quer ter uma dessas… calma aí. A estimativa deles é começar a comercializar (não, open-source não é igual a free) em 12 ou 18 meses. E já avisaram, no FAQ, que não será algo barato.

TOP 10

• número de impressões de página – link
• 914 – Como usar o ImageJ
• 855 – Radiologia e Diagnóstico por Imagens
• 591 – ScientificCommons – Ciência livre e organizada
• 579 – Formato de Arquivos DICOM
• 486 – Tutorial ImageJ: Como contar objetos – parte I
• 474 – Tutorial ImageJ: medição de área foliar
• 455 – Threshold: simples e funciona, mas não para tudo
• 435 – Detecção de fraturas por Processamento de Imagens
• 384 – Ultrassonografia
• 383 – TIFF – Formato de Imagens sob medida para aplicações científicas

Fonte: Google Analytics.

O que vem por aí?

Bom, a empresa está crescendo e já iniciamos dois projetos em processamento e análise de imagens (um em imageamento médico e outro em aplicações científicas). Com isso meu tempo de dedicação ao blog diminui, mas parte do estudo para os projetos da empresa pode ser transformado em posts. No fim as coisas se equilibram.

Continue aparecendo, a casa está sempre aberta,
Até mais!

O trabalho do Juliano Gomes Weber tem o título ‘Técnicas de Clusterização baseadas em Características de Cor para Classificação de Imagens’ e foi orientado pelo Prof. Dr. Eng. Marcos C. d’Ornellas. O objetivo: encontrar imagens coloridas por semelhança com precisão e resposta rápida.

O método

Uma das imagens do banco de imagens.

O método que o Juliano implementou tem duas fases: a de pré-processamento e a de comparação com a imagem escolhida. Para testar o método, ele escolheu um banco de imagens mantido pela Universidade de Washington: o Ground Truth Database, que possui 1085 imagens classificadas em 20 categorias.

Ele implementou seu método e colocou em uma página web: http://www.ijui.inf.br/cbir/

Pré-processamento

Imagem após a correção de iluminação.

Esta etapa é feita uma vez só para um determinado conjunto de imagens, e não precisa ser repetida. Nela as imagens passam por 3 métodos de processamento: o Mean-Shift, para reduzir o número de cores e separar regiões homogêneas; uma correção de iluminação para descartar as sombras e um método de detecção de cantos (conhecido como Harris), que é a estrela do trabalho.

A saída desta sequência de processamentos são as coordenadas dos cantos encontrados na em cada uma das [1028] imagens. Elas são armazenadas em um banco de dados especialmente estruturado para facilitar (acelerar) a comparação destas coordenadas, entre uma imagem e outra.

Comparação

Mesma imagem, após a correção de iluminação e o Mean-shift.

Quando você entra no site do Juliano e escolhe uma imagem para encontrar outras semelhantes, o programa identifica a imagem que você escolheu (que já tem as coordenadas dos cantos calculadas e armazenadas). Os cantos das outras imagens são comparados com os da sua, e o programa exibe as imagens em ordem de semelhança (dos cantos).

Resultado!

Se eu falar de um método que identifica imagens com cantos posicionados de forma semelhante, muitas pessoas dirão: e daí?

Mas o fato é que a posição dos cantos tem a var com a forma, e com o nível de detalhes presentes em uma imagem. Em um grupo de imagens do mesmo assunto, este agrupamento por forma pode ficar bem próximo do que nós, humanos, consideramos semelhança.

É claro que não dá certo com qualquer grupo de imagens (e nem o google conseguiu isso ainda), mas tem potencial de aplicação em áreas específicas. Quais? Quaisquer áreas em que a forma dos objetos seja importante… um osso quebrado tem mais cantos que um inteiro, certo? Células têm formatos diferentes quando vistas ao microscópio, e micro-organismos também.

Ah, o resultado da defesa…

Como todo bom programador, o Juliano levou puxão de orelha porque não escreve direito, e foi aprovado [ Parabéns! ], contato que faça algumas (3254363665) modificações no texto do trabalho, que deve chegar no BDTD em dois ou três meses.

Eu propus, e ele concordou em incluir o código como anexo, ou disponibilizá-lo na internet (afinal, código deve ser o que ele escreve melhor…). Fiquei curiosa sobre como ele implementou o Mean-shift, e sobre o método de correção de iluminação que ele usou.

Quando eu tiver o código volto a falar nestes assuntos.

Para fazer mestrado…

Se você gostou o que leu, e pensa sobre fazer um mestrado nessa área, tem vaga para 2010. A continuidade deste trabalho, seja melhorando o método ou aplicando em alguma situação da vida real, é só um dos temas que você pode escolher.

Saldo do Fisl10

Sei que muita gente adorou o fisl10. As comunidades que se organizaram antecipadamente e tiveram seus encontros tiveram a rara oportunidade de conversar presencialmente. Os alunos ainda sonhadores, acharam divertido ver o Stallmann cantar musiquinha (just google it, se ficou curioso…) e alguns se realizaram no sorteio dos pingüins.

Eu saí de lá sem minhas espectativas atendidas.
OK, eu não assisti as palestras mais técnicas para programadores avançados, e talvez aí haja um mundo à parte que desconheço… O fato é que eu esperava muito mais do lado dos negócios. Fazer software livre é bom, mas é muito melhor se isso for um terreno produtivo, inclusive financeiramente, para que realmente tenhamos escolha. São os modelos de negócios que vão sustentar todo esse sonho, depois que os alunos se formarem, e tiverem que ganhar seu próprio dinheiro. E eles tiveram muito pouco espaço – com exceção de duas ou três palestras, que nem tiveram seu material disponibilizado na web.

Feita a ressalva, vamos ao lado positivo.
Conheci o pessoal do textolivre.org, que trabalha dando suporte à documentação e tradução de software livre, possibilitando que pessoas que não desenvolvem software participem com seus conhecimentos em línguas e redação técnica. Vale uma visita.

Outra boa contribuição foi a palestra do Alessandro de Oliveira Faria sobre biometria. Ele disponibilizou os slides – Biometria em linux. Existe? -  que estão sob Criative Commons. O material está muito interessante, principalmente pelas várias referências que faz a projetos livres em andamento sobre identificação por biometria humana.

Migrando para Ubuntu

De volta do fisl recebi meu novo Notebook da acer, que veio da loja com um XP-”licensa alternativa”. Como já era minha intensão, baixei o Ubuntu e me livrei do pirata em apenas algumas horas.

Já tinha ouvido falar que era fácil, mas não imaginava tão fácil. A tradução para o português foi muito bem feita, por isso adotei a versão traduzida e estou me sentindo muito bem nela. A instalação de programas é muito mais simples e inteligente: nada de tecnologia next, apenas escolha o programa e o Ubuntu instala.

É claro que tive algumas dificuldades, porque ainda não conheço bem o ambiente de linha de comando. Mas isso só foi necessário para algumas coisas que não são necessidades de um usuário comum, como manter uma versão do WordPress instalada localmente para desenvolvimento e testes.

Pinguim by 4 EveR YouG.

OGIMP

Depois de messes de silêncio, o site brasileiro da comunidade de um dos programas que mais uso está de volta, sob nova direção. Razgriz já começou em bom ritmo: falando de vários recursos em um trabalho abstrato. Seja bem-vindo!

Procura-se um aluno

Essa é só para quem faz graduação em Santa Maria, na área da computação: Estou selecionando, em nome da minha empresa, a Animati, um aluno para desenvolver o seu trabalho de graduação conosco. O assunto é Bancos de dados e imagens baseados na web. Para mais informações entrem em contato comigo.

Créditos

A imagem das sementes usada no banner é de jordan a. m.

Imageamento médico

Novo método de imageamento médico:  Parabéns brontossauros pelo excelente post: Uma revolução vermelha.

Fisl10

Saíram os trabalhos aprovados para o fisl. De interesse, uma aplicação de imagens médicas e duas de geoprocessamento.

(Update: o link para as palestras mudou, e as que citei acima desapareceram !!! sem comentários)

Também saíram algumas palestras (não sei se esta é a lista completa). Muita gente comentou, e realmente a lista tem vários palestrantes e palestras repetidas. É estranho, mas vamos esperar que seja só um “bug do sistema”, que vai ser tudo esclarecido quando sair a grade de programação.

A minha foi recusada. Tudo bem, sei que tiveram muitas propostas, mas acho que foi recusada pelo motivo errado. Vários avaliadores alegaram que o ImageJ não é software livre – é domínio público. Repito uma das avaliações aqui:

Tema interessante numa trilha adequadamente escolhida. O curriculo da proponente parece adequado combinando conhecimento acadêmico com pratica de comunidade e uso/desenvolvimento de produto livre(ou quase: dominio publico). É interessante o exemplo de um software que é um sucesso num nicho específico, mas eu realmente acharia melhor se esse exemplo fosse de um outro tipo de software livre, que nao fosse domínio público(ver: http://www.fsf.org/licensing/licenses/).

O mais interessante é que se você realmente ler o conteúdo da página, e não ficar só no índice, verá que domínio público é uma das licenças aceitas pela Free Software Foundation.

Bom, fica aqui meu protesto. O banner do fisl10 vai continuar aí, e eu continuo com a intenção de ir, mas queria que a equipe do fisl escolhesse e instruísse melhor os seus avaliadores.

Até mais